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南京大学计算机科学与技术系所建计算机科学与技术一级学科是国家一级重点学科和江苏省重中之重学科，所属计算机软件与理论、计算机应用技术两个二级学科均被确定为国家重点学科，拥有计算机科学与技术一级学科博士学位授予权，建有计算机科学与技术博士后流动站。
  南京大学的计算机科学研究起步于1958年，建立了计算技术、计算数学、数理逻辑等专业开始培养计算机相关领域专门人才，1978年在上述三个专业基础上成立了计算机科学系，1993年更名为计算机科学与技术系。南京大学计算机科学与技术系在建系前和建系初期就曾取得令人瞩目的成就：上个世纪60年代调试成功了当时国家高等教育部所属高校第一台计算机，实现了我国第一个高级语言编译程序；70年代分别主持了国产DJS-210中型计算机和XT-1操作系统等软件系统的研制；80年代研发了国内第一个分布式系统ZCZ，培养出中国大陆第一位计算机软件博士。建系以来，南京大学的计算机学科建设进入快速发展期，在队伍建设、人才培养、科学研究等方面一直位居国内先进行列。
  目前该系在职教职工111人，其中教授27人（含博士生导师24人），副教授、高级工程师31人。师资队伍中，有中国科学院院士1人，国家有突出贡献的中青年专家3人，国家杰出青年科学基金获得者5人，教育部长江学者计划特聘教授2人，教育部跨（新）世纪人才计划入选者9人，江苏省有突出贡献的中青年专家1人，江苏省教学名师1人，江苏省十大杰出青年1人，江苏省333工程第一层次入选者2人，江苏省青蓝工程学术带头人2人，中国青年科技奖获得者2人，教育部高等学校优秀青年教师奖获得者1人，教育部霍英东基金或霍英东奖获得者3人，宝钢奖教金获得者2人，中创软件人才奖获得者5人，江苏省青年科技奖获得者2人。
  该系建立了从本科生、硕士生、博士生直至博士后研究人员的完整人才培养体系，同时培养计算机技术领域和软件工程领域的工程硕士。目前各类在读本系学生逾2000人，并专门设有大学计算机基础教学部承担全校计算机基础公共课程教学任务。该系重视教学和人才培养，2篇博士学位论文评选为全国优秀博士论文，多项教学成果获得省部级奖励，“计算机科学与技术”本科专业被评选为江苏省品牌专业。在校学生中不乏具有较强理论功底、实践能力和创新意识的佼佼者，在国内外一些大学生科技竞赛中屡获佳绩。毕业生普遍受到用人单位好评。
  依托该系师资，先后成立了南京大学计算机软件研究所、计算机软件新技术国家重点实验室（南京大学）、南京大学计算机应用研究所、南京大学多媒体计算技术研究所、南京大学软件工程中心（江苏省软件工程研究中心）、南京大学信息安全研究所等科研机构。主要科研方向有：软件自动化与形式化、分布与并行计算及新型网络、新型程序设计与软件方法学、多媒体与信息处理、人工智能与机器学习、系统软件及信息安全等。建系30年来，共承担国家973计划、国家863计划、国家攀登计划、国家自然科学基金、国家科技攻关等重大科技计划项目以及省、部、委科研项目和企事业委托或国际合作的研发项目300余项，科研成果获得各种奖励80余项，其中国家科技进步奖一等奖1项、二等奖4项、三等奖2项，省部委自然科学奖和科技进步奖特等奖2项，一等奖8项，二等奖37项。发表论文3000多篇，出版专著、教材50多部，申请国家发明专利33项。部分成果被转化为产品，产生了较大社会效益和经济效益。
  该系密切跟踪IT领域国际学术前沿，十分注重国际学术交流，先后与美国、加拿大、澳大利亚、日本、韩国、新加坡、印度、英国、德国、法国、意大利、瑞士、瑞典、葡萄牙等二十多个国家以及港、澳、台地区的众多大学、科研机构和企业建立了学术互访、共同研发、联合培养研究生等多种形式的交流与合作关系。并成功地举办了6次较大规模的国际学术会议和10余次全国性学术会议。
  该系建有计算机科学实验教学中心，分布计算实验室、软件自动化实验室、人工智能实验室、多媒体技术实验室，教学和科研实验条件优良。实验室总面积约3100平方米，配备有IBM RS/6000 SP2并行机，HP Integrity rx5670集群，Sun HPC3000、IBM AS/400e、SGI Origin200、HP DS20E等小型机，以及140余台IBM、Sun、SGI、HP、Dell服务器和工作站，800多台PC台式机和便携机，2台Spirent网络测试仪，301台其它教学实验仪器和接入Internet的Cisco高速有线/无线局域网。还拥有200多平米的图书阅览室，室藏中文专业书籍1.1万余册，外文专业书籍1.8万册。每年订阅中、外文专业期刊300余种。
  南京大学计算机事业开创近五十载，培养了一批又一批的计算机科技人才。六朝古都的丰富历史内涵与深厚文化底蕴，百年名校的“严谨、求实、勤奋、创新”优良学风，几代学人的扎实工作和奋力拼搏，使她在中国的计算机发展史上，在国内高校计算机学科日趋激烈的竞争中，始终占有重要的一席之地。尤其建系以来，南京大学计算机科学与技术系的研究方向坚持以科学技术前沿和国家重大需求为导向，人才培养坚持严谨、求实和创新的标准，基地建设坚持开放、流动、联合和竞争的方针，队伍建设坚持结构合理和精干高效的指导思想，目前已经初步形成学科覆盖面广、高层次人才培养与科学研究具有特色、基地建设与队伍建设互相促进、较能适应国际IT技术发展和我国经济与社会发展需要、在国内外有一定影响的人才培养与科学研究基地。